Après 289 415 bulletins de vote dépouillés en Franche-Comté (sur 540 728 inscrits), Alain Joyandet serait en tête du premier tour avec 33,25 % des suffrages selon les premiers résultats partiels.
L’UMP serait suivi de la présidente sortante Marie-Guite Dufay (29,40 %). Le Front national se maintiendrait pour le second tour avec 13,63% des suffrages. La Franche-Comté s’orienterait donc vers une triangulaire pour le second tour.