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Le Conseil régional de Franche-Comté pour le Fonds régional d'art contemporain (Frac), lla Communauté d'Agglomération du Grand Besançon (coordonnateur) pour le Conservatoire à rayonnement régional (CRR) et la Ville de Besançon pour l'aménagement des deux hectares de l'ancien port fluvial le long du Doubs se sont associées en 2006 pour engager "cette opération de reconquête urbaine d'une friche portuaire". Ce nouvel équipement réunit le nouveau Conservatoire et le Frac, autour d'un espace de transition urbaine (le « Passage des Arts ») et de deux halls d'accueil du public qui donneront accès à des espaces communs (auditorium, salle de conférence, centre de documentation, café/brasserie).