Selon Jean-Philippe Allenbach, président du Mouvement Franche-Comté, "Daniel Watrin est soupçonné d’avoir, courant 2006, détourné des fonds au préjudice de l’ex-président et fondateur du Parti fédéraliste".
"Cette mise en examen fait suite à la plainte contre X que j'avais déposée pour détournement de fonds en ce qui concerne l’aide publique de 11 983,60 euros touchée par le Parti fédéraliste en 2006 et que ce dernier ne m'avait pas reversée alors qu’elle était gagée en ma faveur", explique Jean-Philippe Allenbach dans un communiqué.