Le 7 avril 2013, un référendum pour ou contre la fusion des départements du Bas-Rhin et du Haut-Rhin a été organisé en Alsace. "Il était prévu que le « Oui » se devait de l’emporter à la fois au niveau alsacien et à celui des deux départements. Il semblait en effet impensable d'imposer à l'une des deux collectivités de devoir fusionner malgré sa volonté", note M. Allenbach.
Le Bas-Rhin a voté "oui" à 67,53 %, mais sans atteindre le seuil des 25 % d'inscrits, et le Haut-Rhin a voté "oui" à seulement 44.26 %. La fusion a donc finalement été rejetée.
"Dès lors, on ne peut qu’être stupéfait d’entendre les partisans de la fusion de la Franche-Comté avec la Bourgogne invoquer l'exemple alsacien pour s’opposer à un référendum alors que ce fut justement là un parfait exemple de démocratie participative : est-ce à dire que pour eux il ne convient de faire un référendum que lorsqu’on est sûr que ce sera oui ? ", interroge Jean-Philippe Allenbach.
"En conséquence, et fort de ce précédent démocratique qui honore nos voisins alsaciens, le MFC demande à ce qu’un référendum du même type qu’en Alsace soit organisé sur le projet de fusion Bourgogne-Franche-Comté, et ce, le dimanche 31 mai 2015, date optimale puisque permettant un débat citoyen de plusieurs mois, tout en respectant le délai de six mois minimum avant les prochaines régionales tel qu’imposé par la loi", réclame-t-il.