Marie-Guite Dufay, présidente du Conseil régional de Bourgogne-Franche-Comté et André Villiers, président du Conseil départemental de l’Yonne, ont annoncé le 21 novembre 2016 un nouvel accord unanime portant sur le transfert de la compétence transport départemental à la région.
Comme le prévoit la loi NOTRe, la région exercera à compter du 1er janvier 2017 la compétence transport de voyageurs pour toutes les lignes régulières, et le 1er septembre 2017, la compétence des transports scolaires à la place du Conseil départemental. Afin de privilégier la continuité et la qualité du service public, une délégation de la région au département gérera la période de transition.
La CLERCT (commission locale d’évaluation des charges et recettes transférées), qui s’est tenue le 21 novembre 2016, a validé cet accord.