En 2006, la Chambre régionale des comptes avait relevé à l'hôpital des "dysfonctionnements dans le remboursement de frais de déplacement, de garde et d'astreinte au profit de certains praticiens hospitaliers" qui avaient fourni des justificatifs abusifs. Ils avaient été relaxés par le tribunal de Dole en première instance.
Des déplacements imaginaires étaient déclarés, avec l'accord tacite de la direction de l'hôpital, afin d'améliorer la rémunération des praticiens hospitaliers, dont le recrutement est parfois difficile en milieu rural. Un médecin a par exemple touché 13 451 € pour 216 déplacements déclarés de janvier à mai 2004.
Lors de l'audience du 19 octobre 2010, trois des quatre médecins ont reconnu s'être livrés à de telles pratiques, mais ils ont affirmé "n'avoir jamais eu le sentiment de se livrer à une escroquerie".