Lors de la séance plénière du 21 janvier, l'assemblée régionale de Bougogne-Franche-Comté a adopté le nouveau seuil d'indemnisation des conseillers régionaux qui s'élève désormais à 2280 euros bruts. Le groupe Notre région avance-La gauche unie, dont est issue la présidente Marie-Guite Dufay, a souhaité apporter les précisions ci-dessous sur ce sujet considéré « comme un facteur de la méfiance des citoyens à l'égard de la classe politique » :
Le montant de l'indemnité des élus est défini par la loi en fonction du nombre d'habitants et de la superficie de son territoire. Celle de la région Bourgogne-Franche Comté est la plus faible au niveau national
Les effectifs sont en baisse. Le nombre de vice-présidents est passé de 25 à 15 et les membres de la commission permanente de 75 à 33. La nouvelle région ne comptera qu'un Directeur général des services au lieu de deux auparavant.
La présidente Marie-Guite Dufay a fait signer une charte éthique à tous les candidats de la liste Notre Région Avance . Il y était demandé aux vice-présidents de renoncer à une fonction dans un exécutif local d'une collectivité de plus de 10 000 habitants pour pouvoir s'investir pleinement au service de la nouvelle région.
En Bourgogne-Franche-Comté, les indemnités seront modulées en fonction de la présence effective des élus aux séances plénières et réunions de commissions.