Première phase : du 11 novembre au 13 décembre 2014
Durant cette période des travaux préparatoires vont se dérouler. Ils auront pour objectif de préparer le chantier de renouvellement voies et ballast à venir. Ces travaux consistent essentiellement à nettoyer les fossés et les pistes, poser des gardes-corps afin d’assurer la sécurité du personnel et démolir les anciens quais des haltes qui ne sont plus utilisées aujourd’hui.
Deuxième phase : du 5 janvier au 19 avril 2015
Les travaux se dérouleront de nuit sur les deux voies de circulation et entraîneront en journée des limitations de vitesse occasionnant une perte de temps pour les trains de 5 minutes dans le sens Besançon–Belfort et de 12 minutes dans le sens Belfort-Besançon. Pour cette phase, un plan de transport adapté sera mis en place avec des suppressions de TER et des substitutions par autocar en début et fin de journée.
Troisième phase : du 20 avril au 12 juin 2015
Les travaux se dérouleront de nuit sur les deux voies de circulation et entraîneront en journée des limitations de vitesse occasionnant une perte de temps pour les trains de 9 minutes dans le sens Besançon–Belfort et de 3 minutes dans le sens Belfort-Besançon. Pour cette phase un plan de transport adapté sera mis en place avec des suppressions de TER et des substitutions par autocar en début et fin de journée.