Dans un communiqué, le maire de la capitale comtoise s’insurge contre ce projet qui « démontre une nouvelle fois les faiblesses de la politique globale de l'enfance alors que […] le Comité des droits de l'enfant des Nations unies dénonçait en juin dernier dans son rapport consacré aux droits de l'enfant en France, l'absence de stratégie et de plan d'action coordonnés. Comment accepter qu’en cette année de 20e anniversaire de la Convention Internationale des Droits de l'Enfant, le gouvernement décide de sacrifier cette fonction qui s’est déjà saisie du sort de plus de 20 000 enfants ? »
Jean-Louis Fousseret appelle le gouvernement à renoncer à cette suppression, et à maintenir et même renforcer les prérogatives du Défenseur des enfants au lieu de les diluer.