Ce sera le dernier scrutin régional sous cette forme avant l'élection en 2014 de conseillers territoriaux.
La loi n'est pas encore votée, mais la Franche-Comté devrait passer de 159 élus (conseil régional + conseils généraux des quatre départements) à 90 conseillers territoriaux qui siégeront dans les deux assemblées.
Le conseil régional compte à lui tout seul 43 conseillers.