Dans son rapport remis aux élus du conseil communautaire, le Grand Besançon explique que l'aéroport de Dole fait partie de la stratégie de développement économique "CAP 2015" pour renforcer l'accessibilité de son territoire et afin de "fournir une gamme de services élargie aux entreprises et aux particuliers, via une subvention de 50 000 € (portant sur les exercices 2012 et 2013)".
Alors que la fréquentation de l'aéroport de Dole est en constante augmentation et que l'objectif pour 2013 est de 65.000 passagers transportés, les élus du Grand Besançon ont décidé le 26 septembre 2013 en conseil communeautaire de voter contre la subvention du Grand Besançon allouée pour contribuer au développement de l'Aéroport Dole Jura.
Benoit Cypriani estime au nom des élus EELV que l'aéroport de Dole ne correspond pas aux besoins réels de mobilité quotidienne de la population et que le transport aérien de courte distance est le mode de transport qui produit le plus de gaz effet de serre. "On ne peut pas d’un côté claironner œuvrer en faveur de la transition énergétique et de l'autre continuer de soutenir l’aéroport de Dôle-Tavaux. Il serait préférable de réaffecter ces subventions aux transports en commun pour baisser les tarifs aux usagers ou encore améliorer les lignes ferroviaires (...) Subventionner des lignes aériennes à bas coûts, c’est offrir des voyages à bas coûts à des personnes plutôt favorisées. Les élus EELV ne cautionnent pas le modèle économique et social pratiqué par les compagnies aériennes à bas coûts où les conditions de travail sont dégradées. Nous rappelons que la compagnie Ryan Air vient d'être condamnée le 2 octobre pour avoir enfreint le droit du travail, car les salariés de Marseille étaient sous contrat irlandais...."
Les opposants à la subvention de 50.000 euros (25 000 €, à la signature de la convention, 25 000 €, sur demande écrite et présentation d’un bilan financier de 2013), n'héistent pas à parler de gaspillage de l’argent public. "Nous faisons le pari que, dans moins de 10 ans, les transporteurs low-cost auront quitté les petits aéroports de province tels que Dijon et Dôle, laissant sur nos bras des équipements vides".