Les 12 km qui séparent les deux gares sont parcourus en quinze minutes. Le même temps qu’il faut en voiture quand la route n’est pas embouteillée.
Outre la desserte entre les des deux gares par TER à un rythme de quinze aller-retour par jour sur un raccordement-ouest qui va compter à terme trois arrêts, un autre embranchement permet aux TGV en provenance de Belfort et se dirigeant vers Lyon d’accéder directement à la gare Viotte du centre de Besançon sans passer par la nouvelle gare. Huit TGV continueront à desservir cette gare beaucoup plus accessible pour les Bisontins.
De gros travaux de modernisation et d’amélioration de l’accessibilité aux quais ont été nécessaires dans la gare Viotte. Elle a été complètement fermée il y a deux semaines pour la mise en service d’un poste d’aiguillage informatisé.
Les voyageurs munis d’un billet TGV n’ont pas à acheter d’autres billets. Ceux qui veulent simplement utiliser la navette devront s’acquitter d’un billet de 3 € pour un aller simple.