Naccer Meddah a été préfet de Franche-Comté pendant sept mois d’avril à décembre 2010, après l’avoir été en Seine-Saint-Denis. Il avait été contraint de quitter les deux postes précipitamment. Son passage dans la région, où il avait rapidement pris ses marques, avait été particulièrement apprécié à gauche comme à droite.
En quittant Besançon, il avait laissé entendre que ce n’était pas à lui d’expliquer son éviction. « Il faut rester digne. En ce qui me concerne, je n’ai aucune lecture politique de mon départ ». En tout cas, jamais un pot de départ de préfet n’avait été aussi émouvant, donnant l’occasion aux politiques de tous bords de venir saluer un préfet « hors normes ». Le conseil régional avait suspendu sa séance budgétaire pour permettre aux conseillers de le saluer.
« J’ai toujours élevé une muraille entre mon engagement de serviteur de l’Etat et mes convictions républicaines de gauche. Je ne suis pas au PS et on m’a présenté comme tel à l’équipe de campagne. Quand j’ai quitté la Franche-Comté, j’ai eu des marques de sympathies en provenance de tous les bords politiques », nous avait confié le conseiller référendaire à la Cour des comptes lors de sa nomination comme secrétaire général de la campagne de François Hollande.
« Ma marque de fabrique c’est d’être au service des autres. Je suis pupille de la Nation, je suis né en France. L’Etat c’est mon choix. Je l’ai servi de manière non partisane. On ne peut être que préfet de la République. Je ne sais pas ce qu’est un préfet de gauche ou un préfet de droite », avait poursuivi l’ancien protégé de Philippe Séguin en précisant qu’il conserve « un excellent souvenir de la Franche-Comté » où il s'est fait de nombreux amis.