Les Verts proposeront Alain Fousseret comme tête de liste régionale. Etaient également candidats, Claude Mercier et Jean-Jacques Mettetal. La candidate Verte du Territoire de Belfort sera Anny Grunblatt (vice-présidente à la communauté d'agglomération belfortaine)
Les autres binômes seront :
Dans le Doubs : Sylvie Meyer et Eric Durand (conseillers régionaux)
Dans le Jura : Marc Borneck (conseiller régional) et Brigitte Monnet (maire de Vincelles)
Dans la Haute-Saône : Marie-Claire Thomas (conseillère municipale de Lure) et Philippe Chatelain (conseiller municipal de Noidans-les-Vesoul).
La participation au scrutin était de plus de 70%.
Le CAP (Comité d'animation et de pilotage) de Franche-Comté, organisme constitué de façon équilibrée de Verts et de personnalités issues de la société civile et associative, sera chargé de constituer les listes définitives en y incluant des candidats qui ne sont pas issus des Verts. Les derniers arbitrages nationaux sur les listes auront lieu début décembre.