Le conseil d'administration de Lyria aurait annoncé cette décision ce mercredi 3 juillet. La cause viendrait du fait que les voyageurs au départ de Neuchâtel et de Pontarlier ne sont pas assez nombreux pour justifier la circulation d'une rame de 350 places. Lyria aurait évoqué au quotidien suisse la perte de "plusieurs millions d'euros" attendue en 2013 si aucun changement ne s'opère.
Suite à l’annonce du détournement possible d’un aller-retour du TGV Lyria Paris-Berne fin 2012, la Région s'était pourtant fortement mobilisée pour sauvegarder la desserte du Haut-Doubs. Des actions conjointes et coordonnées avec les Cantons de Berne et Neuchâtel avaient été organisées pour protester auprès des exploitants ferroviaires. À l’ensemble des pétitions, courriers, réunions avec les représentants de Lyria associant les élus du Jura et du Haut-Doubs, s'était également ajoutée une mobilisation lors de la venue de Guillaume Pépy le 3 mai 2013 à Besançon.
Aujourd'hui, la Région dit ne pouvoir "se satisfaire de cette décision" dans un communiqué et indique qu'"[elle] veillera avec le Canton de Neuchâtel que Lyria s’engage à proposer et à financer une offre de substitution de qualité en correspondance à Frasne avec les TGV Lausanne – Paris."