Dans un communiqué, le Mouvement de Franche-Comté se dit davantage favorable à devenir Suisse que Bourguignon. "Suite au funeste projet de fusion avec la Bourgogne et au souhait qui en a résulté pour le département du Jura de rejoindre Rhône-Alpes et pour celui du Territoire de Belfort de rejoindre l’Alsace, le Mouvement Franche-Comté demande que le département du Doubs puisse, quant à lui, rejoindre la Confédération helvétique et qu’un référendum départemental soit organisé à cet effet", écrit Jean-Philippe Allenbach, son président.
"En effet, si c’est pour voir la Franche-Comté se désintégrer, mieux vaut alors pour le département du Doubs qu’il devienne canton suisse avec 3 % de chômeurs, tout comme Genève, ancien département français devenu canton suisse en 1815, et qui, sauf erreur, ne demande pas aujourd'hui à revenir."