Les neuf hommes sont soupçonnés d'entente en vue de la préparation d'actes terroristes et de détention d'armes, les enquêteurs ayant retrouvé lors des perquisitions une dizaine d'armes, dont un fusil-mitrailleur Kalachnikov et des pistolets automatiques.
Les cinq hommes du groupe de Besançon - un Algérien et quatre Français dont trois d'origine bosniaque et un d'origine algérienne - sont accusés de s'être livrés à des entraînements paramilitaires, au maniement d'armes et aux combats rapprochés. Ce groupe est également soupçonné d'avoir voulu prendre le contrôle d'une salle de prière de Besançon en évinçant l'imam en place afin d'imposer un islam radical.