La président de région Marie-Guite, Guillaume Pepy, président de la SNCF et Dominique Devin, directeur régional Bourgogne Franche-Comté de la SNCF, signeront la nouvelle convention pour l’organisation et le financement des services TER 2013 – 2017 :"cette convention lie la Région Franche-Comté à la SNCF pour l'exploitation des services ferroviaires. Elle a été votée en Assemblée plénière régionale le 22 mars 2013 et fixe les conditions d'exploitation et de financement des services ferroviaires régionaux dont la Région est l'Autorité Organisatrice (AOT)".
Une convention signée sur fond d'inquiétudes émanant des syndicats après les rapports Bianco (ouverture à la concurrence en 2019)et Auxiette (rentabilité, polyvalence des personnels...). Selon la CGT, ces rapports "ne doivent pas faire force de Loi". Elle estime que la réduction de l’offre et l'accroissement de la productivité dans les conventions TER comme en Franche-Comté, la "casse" du FRET SNCF sont des réformes avant la réforme.