On connaît les difficultés du couple Alliot-Marie-Bockel et celles du tamdem Bachelot-Yade dont les bisbilles s’étalent dans les journaux. Qu’en est-il du secrétaire d’Etat franc-comtois avec son ministre de tutelle?
« Alain Joyandet et Bernard Kouchner auraient aussi des relations plus compliquées qu'à leurs débuts. La Lettre du Continent rapporte ainsi que les deux hommes ont demandé fin octobre au secrétaire général de l'Élysée, Claude Guéant, d'arbitrer leur participation à un dîner organisé par le président mauritanien. Selon cette lettre confidentielle sur l'Afrique, Kouchner aurait suggéré à Joyandet de ne pas venir, ayant lui-même décidé de s'y rendre. -Cela ne s'est pas passé comme cela et tout va bien avec Bernard Kouchner-, dément un proche collaborateur du secrétaire d'État à la Coopération. En réalité, Kouchner aurait un peu de mal à admettre que son secrétaire d'État rapporte directement à l'Élysée », écrit Le Figaro.
Le ministre des Affaires étrangères aurait d’ailleurs une tendance à « écraser les seconds ». « Il a beaucoup de mal à les laisser exister. Il veut tout voir et tout savoir ».