Dans le dernier numéro du bulletin de la FNAUT, François Jeannin dénonce "le silence qui entoure cette décision".
"Les élus le savent, mais tous cultivent cette discrétion qui leur laisse l'illusion de leur pouvoir ! Lamentable !", écrit-il en rappelant que "le choix de Besançon comme siège Bourgogne Franche-Comté avait été salué en 1997 comme un juste et simple retour des choses après des décennies de transfert d'activités ferroviaires comtoises vers Dijon, Mulhouse, Nancy et Lyon".