Si on le compare à d’autres réseaux de transports de France, sur le plan technique, le tram bisontin est l'un des plus fiables avec très peu de panne et d’accident à son actif d’après le Grand Besançon. En effet, le réseau Ginko a enregistré en 2015 un ratio accident tramway inférieur de moitié au taux national. 18 accidents ont été enregistrés en 2015 soit un taux de 0,165 aux 10.000 kilomètres parcourus, contre 0,367 pour le taux national moyen.
Pour le Grand Besançon, les aménagements et améliorations pour la sécurité des passagers restent la priorité. Pour prévenir les accidents tout en limitant les nuisances sonores, des tests seront réalisés courant septembre afin de faire évoluer le gong du tramway. A l'avenir, les conducteurs en utliseront plusieurs, du simple avertisseur sonore de présence au puissant signal d’urgence. Pour cet automne 2016, une nouvelle campagne est assui prévue pour rappeler les consignes de sécurité aux usagers.