En juin 2005, une convention pluriannuelle avec l'Agence Nationale pour la Rénovation Urbaine (ANRU) est signé : le quartier de Clairs-Soleils est engagé ans une démarche globale de restructuration portée par la Ville de Besançon. La réouverture de la bibliothèque du quartier en novembre 2009 (devenue médiathèque Aimé Césaire) a été un des temps fort de la rénovation.
Voici le programme de réhabilitation du quartier
- démolition de 232 logements,
- constructions de 316 logements de qualité et diversifiés,
- réhabilitation de 145 logements,
- rénovation et création d'équipements publics,
- à terme mise à disposition de près de 1000 m2 de locaux d'activités
- et restructuration de l'ensemble des espaces publics.
C'est un programme de travaux d'environ 47 M€, financés à hauteur de 11.7 M€ par l'ANRU (29 %), 2.9 M€ par la ville (6 %), 27.5 M€ par les bailleurs sociaux (58 %), et le reste par divers partenaires financiers (dont la Caisse des dépôts, la CAGB, le Conseil général et le Conseil régional).