Le Mouvement Franche-Comté, représenté par son président Jean-Philippe Allenbach ne comprend pas l’acharnement "quasi-obsessionnel de certains à vouloir priver tant que faire se peut les Francs-Comtois et les Bourguignons de la simple vue de leur propre drapeau historique". Il ne comprend pas pourquoi les Francs-comtois et Bourguignons devraient avoir "honte de leur histoire", au point que les édiles avaient "décroché des façades des conseils régionaux respectifs les drapeaux des anciennes collectivités".
Un mélange des deux écussons aurait pû être "simple"
Jean-Philippe Allenbach pense que pour la création du nouveau logo, il ne fallait pas faire "dans le mépris du passé quand on peut faire dans son respect". Il rappelle que "celui de la région PACA rassemble au sein d’un même blason ceux de la Provence, du Dauphiné et du comté de Nice et la Bourgogne-Franche-Comté aurait du faire pareil en rassemblant les deux écussons des anciennes régions".
Qui plus est, le mouvement Franche-Comté dénonce la méthode qui consiste "à imposer aux habitants d’une région un logo destiné à les représenter quand manifestement ils ne l'aiment pas".