S'il n'y est pas hostile, le maire de Besançon a, depuis l'annonce du mariage entre la Bourgogne et Franche-Comté, montré qu'il serait vigilant au partage des pouvoirs entre les deux capitales. "Besançon ne sera jamais la sous-préfecture de Dijon" a-t-il prévenu à plusieurs reprises.
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Marie-Guite Dufay dit partager la vigilance du maire de Besançon sur la nécessité d’un aménagement du territoire équilibré au sein de la future Bourgogne Franche-Comté. "Il ne serait pas acceptable que Dijon concentre demain l’essentiel des fonctions métropolitaines de ce grand territoire".
Dissocier le siège de la préfecture et le siège de l'Hôtel de région
La Présidente de Région assure qu'elle travaille avec Jean Louis Fousseret et le président de la Région Bourgogne, François Patriat, afin de "répartir au mieux ces fonctions métropolitaines en dissociant notamment le siège de la Préfecture de Région et le siège de l’Hôtel de Région". Elle souhaite structurer "un pôle métropolitain fort, allant de Besançon à Dijon, ainsi qu’à la structuration de l’aire urbaine sur le Nord Franche-Comté?, porte ouverte sur la future Alsace élargie".