Une fréquentation quotidienne record de 6 987 visiteurs a été enregistrée le dimanche 30 avril 2006, Journée du Souvenir. L’entrée à la Citadelle est traditionnellement gratuite pour cette journée commémorative, et la météo ce jour-là était particulièrement clémente.
À l’inverse, le mois de janvier est "habituellement le moins fréquenté de l’année ; à l’image du 9 janvier 2009 où seuls 10 visiteurs ont parcouru la Citadelle", nous indique-t-on.
Les espaces animaliers constituent la principale motivation de visite pour les habitués (à 72 %) et pour les re-visiteurs (à 66 %), quand les primo-visiteurs sont majoritairement motivés par l’ensemble du site (à 50 %). La Citadelle accueille en moyenne entre 250 000 et 300 000 visiteurs par an.
Enfin, la Citadelle est ouverte au public depuis 60 ans. Le 28 mai 1959, l’armée remet officiellement les clés de la place forte à Jean Minjoz, alors maire de Besançon. Celui-ci donne aussitôt une vocation culturelle et touristique au site. L’ouverture au public s’effectue le 8 septembre 1959. "Néanmoins, la fréquentation de cette première journée d’ouverture n’est pas connue", indique la Citadelle.