Tandis que les réseau des TER de Bourgogne assurera un trafic normal, celui de Franche-Comté verra moins de circulation.
Ligne par ligne
- Axe Dijon - Besançon : 50 % des circulations seront assurées
- Axe Besançon - Belfort : 70% des circulations assurées
- Axe Dole - Frasne - Pontarlier : 60 % des circulations seront assurées
- Axe Dole – Andelot – Saint-Claude : 50% des circulations assurées dont certaines assurées par des autocars de substitution
- Axe Besançon – Valdahon - La Chaux-de-Fonds : 20 % des circulations seront assurées par trains et par autocars
- Axe Besançon – Lons-le-Saunier - Lyon : 70 % des circulations seront assurées par trains et par autocars
- Axe Belfort – Vesoul – Épinal : trafic normal
- Axe Besançon-Viotte - Besançon Franche-Comté TGV : circulation quasi-normale