Après le ras-le-bol des usagers, la résident de Région était monté au créneau et avait menacé la SNCF de ne pas verser la somme que la Franche-Comté doit à la SNCF pour l'organisation sur les rails des Transports Express Régionaux. Rien que sur le mois de février, 266 trains avait été supprimés et les usagers n'en pouvaient plus. Il semblerait que la situation se soit améliorer. En mars, "seuls" 84 trains ont été supprimés.
Toutefois, Marie-Guite Dufay a déclaré qu'elle resterait très vigilante quant à l'évolution de la situation et qu'elle invitait la SNCF a améliorer son système d'information des voyageurs en cas de problème.