Certains voyageurs ont subi des retards allant jusqu'à 1h30 entre Dijon et Besançon. Le trafic a été fortement perturbé de 7h10 à 8h45. Un TER a été supprimé et trois autres sur le parcours Dole Besançon ont été détournées par Mouchard. Deux autocars de substitution ont été mis en place par la SNCF pour desservir l'ensemble des gares à l'ouest de Besançon.
Quelques retards sont encore possibles pour les trains en provenance de Dijon et dans une moindre mesure à destination de Belfort mais la SNCF parle d'un retour progressif à la normale.