La Ville de Besançon, exploitant du tunnel routier, a l’obligation d’organiser chaque année un exercice de sécurité. Organisé par la direction Voirie et Déplacements de la Ville de Besançon et les services de secours et de police, il avait pour but d'analyser la pertinence des procédures d’alerte et de mise hors de dangers, de tester la bonne utilisation et le bon fonctionnement des installations de sécurité.
Le scénario retenu a mis en scène un accident impliquant un véhicule léger avec un blessé à évacuer avec la nécessité de couper de la circulation sous le tunnel et la mise en place de déviations. A noter qu’en cas d’accident grave, il revient au SDIS (service départemental d'incendie et de secours) d’assurer la fonction de chef des opérations de secours.