Le premier degré concentre le plus d'élèves avec une prévision de 119919 jeunes dont 92,2% dans le public. 1336 établissements sont à leur disposition dans toute la région (pré-élémentaire et élémentaire).
Dans le second degré (+post bac), ils devraient être au nombre de 98882 dont 85,2% dans le public. Pour les accueillir, 150 collèges et 73 lycées.
Dans le premier et second degrés, le public compte 13648 enseignants et le privé 1862. Le personnel non enseignant est au nombre de 5078 dans l'académie.
Selon une évaluation du rectorat, il y aura globalement environ 300 élèves de plus, alors qu'une centaine de suppressions d'emploi sont prévues dans le premier degré et presque deux cents dans le second degré.
Le rectorat annonce quatre priorités pour cette rentrée:
- améliorer les acquis et les résultats des élèves à l'école et au collège
- poursuivre la réforme des lycées
- accompagner les professeurs
- l'établissement scolaire, pivot du système éducatif.
En 2011, la Franche-Comté a enregistré un taux de réussite de 87,2% au baccalauréat (%0,4%) et de 83,2% au brevet (-0,4%).