En juillet 2016, des chercheurs archéologues, paléo-environnementalistes et historiens de l’UMR 6249 Chrono-Environnement (CNRS, université de Bourgogne-Franche-Comté, ministère de la Culture, INRAP) ont publié une mise au point pour démontrer qu'Alésia ne pouvait se situer dans le Jura. "Des Francs-Comtois, et singulièrement des Jurassiens, ne cessent, depuis le règne de Napoléon III, de dénoncer la localisation d’Alésia en Côte-d’Or, à Alise-Sainte-Reine, pour placer ce haut lieu d’une défaite des Gaulois, emmenés par Vercingétorix, en diverses et nombreuses localités de la région Franche-Comté. Depuis les années 1960, c’est à Chaux-des-Crotenay, dans le Jura, que des amateurs, rejoints un temps par des professionnels, tentent de localiser Alésia, soutenus par des élus jurassiens, quelques universitaires et certains journalistes" atteste François Favory, professeur d’histoire ancienne et d’archéologie gallo-romaine à l’université de Franche-Comté à Besançon. Ce dernier regrette "les sarcasmes" suscités par l'argumentaire diffusé au début de l'été. Et notamment de "personnes totalement incompétentes dans le domaine archéologique, comme le médiatique et peu rigoureux Franck Ferrand".
"Une supercherie"
C'est pourquoi ces chercheurs ont envoyé un nouvel argumentaire fin octobre. Il est destiné aux élus et aux entrepreneurs du Jura sollicités pour financer l’activité de recherche des associations s’activant sur le site de Chaux-des-Crotenay. "Il est adressé aussi à diverses institutions culturelles confrontées aux discours et aux initiatives publiques de ces associations et aux journaux régionaux qui en rendent compte, quelquefois complaisamment." La bataille d'Alésia n'est donc pas encore totalement terminée…