Selon les derniers chiffres de l'académie de Besançon arrêtés en date du 7 octobre 2021, aucune structure scolaire n’est fermée sur les 1.287 établissements (écoles, collèges, lycées) de la région. En revanche, 19 classes sont fermées.
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Depuis le 2 septembre, 163 établissements ont proposé un parcours vaccinal aux élèves sur 210 collèges, lycées et EREA (établissement régional d’enseignement adapté) aux élèves de 12 ans et plus.