Selon les derniers chiffres de l'académie de Besançon arrêtés en date du 14 octobre 2021, aucune structure scolaire n’est fermée sur les 1.287 établissements (écoles, collèges, lycées) de la région. En revanche, 23 classes sont fermées.
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Depuis le 2 septembre, 182 établissements ont proposé un parcours vaccinal aux élèves sur 210 collèges, lycées et EREA (établissement régional d’enseignement adapté) aux élèves de 12 ans et plus.