Le Conseil d’administration de l’ORSP en a pris acte et a choisi dans un premier temps de réduire la taille de son équipe. Cependant face aux perspectives négatives pour 2014, le CA a été contraint de décider, ce 3 octobre, d’arrêter l’activité de la structure et de procéder au licenciement de ses six derniers collaborateurs. Pour Cynthia Morgny, directrice de l'ORSP Franche-Comté, "c'est un grand gâchis".
Depuis 1982, l’ORSP a assuré, aux côtés des décideurs publics, un rôle d’observateur de l’état de santé des Francs-Comtois avec le souci d’une indépendance et du respect des règles méthodologiques et scientifiques. La fermeture de l’ORSP signe donc la fin de cette mission initialement souhaitée par le Ministère de la santé et relayée par la Direction régionale des affaires sanitaires et sociales (Drass) puis l’Agence régionale de santé (ARS).