L'industrie a un poids conséquent dans l'économie locale et place à ce titre la Franche-Comté au premier rang des régions françaises. Mais la région souffre de sa spécialisation dans des secteurs marqués par la stagnation ou le recul de la valeur ajoutée. Sont notamment concernées les activités liées aux industries de l'automobile et des biens intermédiaires. En Franche-Comté, la croissance modeste du PIB n'a engendré qu'une faible création d'emplois.
En 2007, le Produit Intérieur Brut de la région de Franche-Comté s'établit à un peu moins de 28,6 milliards d'euros, soit 1,5 % du PIB métropolitain alors que la région rassemble 1,9 % de la population métropolitaine. En termes de poids économique, la Franche-Comté se classe au 20e rang des régions de métropole, devant le Limousin et la Corse.
Dans les années 1990, la croissance du PIB franc-comtois était proche de la moyenne nationale, puis légèrement supérieure à celle-ci au début des années 2000. Depuis, le dynamisme régional s'est progressivement érodé. En Franche-Comté, entre 2004 et 2007, le PIB augmente en moyenne annuelle de 0,2 % contre 2,1 % au niveau national. Il enregistre ainsi la plus faible croissance régionale. L'évolution du PIB régional est fortement conditionnée par les difficultés conjoncturelles et par le profil économique spécifique de la Franche-Comté.