Le train n°5971 parti de la gare de Paris-Bercy à 16H00 et qui devait desservir les gares de Nevers, Moulins, Vichy, Riom, puis Clermont-Ferrand, ne s'était pas arrêté en gare de Nevers et avait continué son chemin jusqu'à la gare suivante de Saincaize, à une dizaine de kilomètres au sud, pour des raisons de sécurité.
Le conducteur du train, en garde à vue à la gendarmerie de Saint-Pierre-le-Moûtier (Nièvre), avait 3,34 grammes d'alcool par litre de sang, selon Le Journal du Centre. À la suite de son fâcheux oubli, les quelque 200 passagers qui se trouvaient à bord avaient dû changer de train. Quarante-et-un d'entre eux, qui devaient s'arrêter à Nevers, avaient pris un TER en gare de Saincaize.
Les autres passagers avaient quant à eux poursuivi leur voyage avec le train suivant en provenance de Paris et étaient arrivés dans leurs gares respectives avec une heure de retard sur l'horaire initial. La SNCF remboursera 25% du prix du billet aux passagers.