Avec 83 emplois publics pour 1.000 habitants, la Franche-Comté compte un bon nombre de fonctionnaires ou assimilés. L'équivalent de 21,7 % de l’emploi total de la région. Un taux plus élevé que la moyenne nationale fixée à 20,7 %.
Parmi les autres constats de l'Insee, il est remarqué que "la fonction publique de la région Franche-Comté est l’une des plus jeunes de France de province avec seulement 14 % de salariés âgés de 55 ans et plus."
La fonction publique d’État est également celle qui emploie le plus de personnes : soit 44 000 salariés. Tandis que la fonction publique territoriale emploie 29 000 salariés et la fonction publique hospitalière, 24 000 salariés en région. Cette dernière est parmi les plus féminisées et les plus jeunes.