Les principales mesures territoriales pour l'arrondissement de Besançon sont :
- Renforcer la cohérence spatiale de la CAGB vers l'ouest (secteur St Vit) et vers la gare LGV, secteurs ciblés dans le SCOT de l'agglomération bisontine, en rattachant 15 communes issues de la communauté de communes du Val Saint-Vitois qui sera dissoute et de la communauté de communes Dame Blanche Bussière qui sera dissoute également. (72 communes – 192 042 habitants)
- Regrouper les communautés de communes du Pays d'Ornans, d'Amancey Loue Lison, et du canton de Quingey, qui devaient obligatoirement évoluer pour atteindre le seuil démographique de la loi NOTRe, sur le périmètre du Pays Loue Lison, pour que ce territoire dispose d'un territoire plus étendu et cohérent, de la source de la Loue et du Lison à Arc-et-Senans, afin , notamment, de mieux développer et promouvoir le tourisme autour du patrimoine naturel remarquable de ce secteur et du tourisme culturel autour de Courbet et de la Saline Royale d'Arc-et-Senans. (78 communes – 25 115 habitants)
- Rattacher 7 communes, issues de la communauté de communes du Val Saint-Vitois qui va disparaître, pour les rattacher à la communauté de communes du Val Marnaysien (70) à laquelle des communes du Doubs adhèrent déjà et auxquelles s'adjoindront 7 nouvelles communes hautes saônoises pour une grande communauté de communes à cheval sur deux départements (45 communes – 13 666 habitants).
Sur la partie du Doubs central :
- Lors de l'élaboration du SDCI en 2011, une évolution sur la base d'un scénario regroupant 6 communautés de communes appartenant au Doubs central, avait été engagée. Elle n'a pu aboutir, compte tenu de la taille de cette nouvelle communauté de communes de 117 communes pour près de 36 000 habitants.
- Deux sous-ensembles ont pu être constitués au sein de ce secteur du Doubs central : l'un autour de Baume-les-Dames avec 19 communes issues de la communauté de communes de Vaîte Aigremont et 15 communes issues de la communauté de communes Dame Blanche Bussière (59 communes – 17 140 habitants).
- L'autre en regroupant les communautés de communes des Isles du Doubs, du Pays de Clerval et du Pays de Rougemont avec la commune de Désandans (57 communes – 16 710 habitants).