Ce sont des sites préhistoriques qui remontent de 4000 ans av. J.-C. à 800 ans av. J.-C. auxquels s’intéressent les chercheurs. D’après Michel Magny, du laboratoire Chrono-environnement, « les sites préhistoriques étaient à l’époque construits en bordure de ces lacs sur des pieux plantés dans la vase. » Ce sont ces pieux, avec des restes d’os, repérés par les pêcheurs ou signalés lors d’observations antérieures que le laboratoire tente de vérifier. Les chercheurs mettent en place des lignes d’eau, dont les plongeurs suivent l’orientation pour faire de la prospection systématique.
Le niveau des lacs du Jura ou du plateau suisse ont pu varier selon les périodes, en raison des évolutions du climat. Ainsi, des sites archéologiques pourraient très bien se trouver sous le niveau des eaux actuel. Pour l’heure, seuls quelques pieux de pêcheurs ont effectivement été repérés.