Deux quartiers prioritaires politiques de la ville identifiés en enjeu national dans le cadre du NPNRU :
- Planoise à Besançon
- La Petite Hollande à Montbéliard
Un quartier politique de la ville identifié en enjeu régional par le Conseil d'administration :
- Cité Brulard à Besançon
La loi de programmation pour la ville et la cohésion urbaine, votée en février 2014, pose le cadre et fixe les objectifs et les moyens du NPNRU. Un investissement de 5 milliards d'euros de l'Anru, financé avec le concours d'Action logement, sera ainsi réparti : 83% pour les sites d'intérêt national et 17% pour les sites d'intérêt régional, dans le cadre des contrats de plan État-région (CPER).
200 quartiers d'intérêt national sont ainsi listés sur lesquels seront concentrés des financements "exceptionnels" parce que "les difficultés sociales et urbaines y sont les plus grandes".