Port Douvot est en perpétuelle évolution et a connu de nombreux travaux d'aménagement (voir encadré gris ci-contre). Cette quarantenaire traite les eaux usées de 24 communes (Besançon bien sûr, mais aussi Ecole-Valentin, Roulans, Delus, Thise, Boussières, Franois, Thoraise, Beure, Avanne-Aveney, etc.).
Pour Christophe Lime, adjoint en charge de l'eau et de l'assainissement cette rénovation nécessaire a fait l'objet d'une "réflexion sereine et dans le temps". De 2008 à 2011, un bureau d'étude a travaillé sur l'amélioration du dispositif et travailler sur de nouvelles pistes pour la valorisation du biogaz. "Néanmoins, Il ne faut pas attendre que la station se dégrade"
Port Douvot a été pionnière dans les années 70 la création dans le traitement des boues grâce à la méthanisation : les boues issues du traitement de l'eau produisent du biogaz, essentiellement du méthane valorisé sous forme de chaleur. Cette chaleur permet à son tour de produire de l'électricité grâce à un groupe de cogénération.
Au fil des ans, la station a dû s'adapter aux normes . Aujourd"hui, la rénovation du centre de méthanisation devrait s'élever à plus de 10 millions d'euros. 7.5 millions d'euros iront à destination de l'unité de méthanisation et à une éventuelle unité de séchage. Le reste financera le renouvellement des équipements, et l'amélioration des locaux d'exploitation (consommation énergétique, hygiène). Les ouvrages revus auront "une durée de vie 30 ans".
La possibilité d'une unité de séchage solaire est également en réflexion. Des tests seront menées avec l'objectif de diminuer la quantité d'eau dans les boues et ainsi pouvoir transporter plus de quantité. Pour Christophe Lime, cette solution n'aura pas d'incidence sur le milieu naturel de la ville de Besançon.