Ces sites (datant de 5000 à 500 av JC) comportant des sites sous-lacustres, en bordure de lacs ou de rivières, livrent une image précise et détaillée des débuts de l’agriculture en Europe grâce à l’excellente préservation de matériaux organiques tels que le bois, les textiles et des restes de plantes et d’os conservés dans d’excellents conditions.
Pour le Jura, deux sites ont été retenus, il s’agit des plans d’eau des lacs de Chalain et de Clairvaux les Lacs et 46 gisements sont concernés s’étendant sur les communes de Clairvaux, Doucier, Fontenu et Marigny.
Les recherches et études menées depuis plus de 40 ans sur les vestiges lacustres ont démontré tout l’intérêt et l’origninalité des deux sites jurassiens tant par la longue durée de leur fréquentation échelonnée sur plus de trois millénaires que par la qualité des vestiges organiques remarquablement conservés dans un environnement naturel encore préservé.