En hausse, le nombre d’étudiants en première année de médecine et l’IUT Belfort Montbéliard. Les autres secteurs sont plus ou moins stables avec, toutefois, des baisses d’effectifs assez marquées en SLHS (Sciences du langage, de l’homme et de la société) et en STAPS (Sciences et techniques des activités physiques et sportives) sportives.
34% des étudiants en Franche-Comté sont boursiers, soit une proportion de 10 points supérieure à la moyenne nationale. 11% des étudiants sont de nationalité étrangère avec une majorité d’Africains.
En 2008, près de 1400 enseignants exercent à l’Université de Franche-Comté avec un âge moyen de 44 ans.