Les réflexions de la SNCF autour des dessertes TGV , jugées "rentables", sont notamment dans le viseur de la Fédération. "Le TGV se limiterait à la seule LGV Rhin-Rhône. Quid de Dole - Lausanne [...] et du TGV Strasbourg - Marseille par Besançon Viotte et Lons, plé- biscité par la clientèle et d’offre commerciale insuffisante ?", interroge François Jeannin en région.
La mission Duron 2 chargée d’examiner l’avenir des Trains d’Equilibre du Territoire, et notamment la grande ligne Paris - Mulhouse, via Vesoul, est également au coeur de leurs préoccupations. Tout comme la ligne TER Belfort-Delle, récemment réouverte, mais qui pourrait déboucher sur "un fiasco faute de moyens pour son fonctionnement ?"
Et de s'interroger enfin sur la pérennité de la ligne des Hirondelles, de la ligne des Horlogers ou encore celle du Revermont. La FNAUT Franche-Comté dit ne pas vouloir jouer le jeu d"une dramatisation excessive", mais s'inquiète simplement de la réduction de des dotations publiques.