La FNAUT Franche Comté rappelle :
- "Sa participation active au projet de ligne à grande vitesse Rhin / Rhône, même si elle n'a pas toujours été d'accord avec les choix retenus : tracé, phasage et lieu d'implantation de la gare pour Besançon"
- "Son attachement à la réalisation rapide de la branche Est Rhin / Rhône jusqu'à Lutterbach et ses propositions pour les débouchés Nord et Sud de cette liaison ferroviaire"
- "Souligne le succès du TGV ''caboteur'' Strasbourg / Marseille desservant les gares de Bourg en Bresse, Lons le Saunier et Besançon Viotte par la ligne du Revermont"
Premier scénario : La FNAUT Franche Comté juge comme "une provocation inacceptable de la part de la SNCF un premier scénario, conduisant à l'abandon de l'exploitation du TGV Rhin-Rhône et la réduction de manière drastique de l'activité grande vitesse au niveau national". Elle rappelle "l'investissement financier accordé par les collectivités territoriales Francs-Comtoises pour la réalisation de cette infrastructure ferroviaire".
Deuxième scénario : Elle privilégie le deuxième scénario évoqué, prenant en compte l'intérêt des usagers en développant l'offre TGV pour les villes moyennes, avec de surcroît une baisse du prix des billets. En revanche, la FNAUT Franche Comté s'interroge sur le prix à payer par les Autorités Organisatrices de Transport (AOT).
Troisième scénario : La FNAUT Franche Comté considère que le troisième scénario sur l'optimisation du parc de rames, la réalisation de gains de productivité, la réduction des coûts d'exploitation "peut permettre d'ouvrir des négociations entre tous les partenaires sur la base du deuxième scénario, l’État stratège en matière de politique ferroviaire ne devant pas être absent des débats".