Le Doubs
Ce département est en "vigilance", cela signifie que la population, particuliers comme professionnels, est incitée à faire des économies d’eau. Environ les 3/4 du territoire sont concernées à l’exception du Grand Besançon, Roulans, Baume-les-Dames, L’Isle-sur-le-Doubs.
Le Jura
La partie placée en "vigilance", comprend la communauté de commune Jura Nord, Dole, la CC de la Plaine Jurassienne, la CC Bresse Haute Seille, Lons-le-Saunier, la CC de la Région d’Orgelet, la CC Porte du Jura.
La Haute-Saône
L’ensemble du département est en "vigilance".
Le Territoire de Belfort
Ce département est le seul en Franche-Comté à ne pas être, à ce jour, inquiété.
La Côte-d’Or
L’ensemble du département est en "vigilance".
La Saône-et-Loire
Ce département ne subit, à ce jour, aucune vigilance.
L’Yonne
Le département est l’un des plus touchés en Bourgogne Franche-Comté par la sécheresse puisqu’une partie est en "vigilance", et d’autres sont en "alerte". Cela signifie : réduction des prélèvements à des fins agricoles inférieures à 50% (ou interdiction jusqu’à 3 jours par semaine), mesures d’interdiction de manoeuvre de vanne, d’activité nautique, interdiction à certaines heures d’arroser les jardins, espaces verts, golfs, de laver sa voiture, etc.
La Nièvre
La majeure partie de la Nièvre n’est pas sous restriction ni en "vigilance". En revanche une zone de la communauté de communes Haut Nivernais-Val d'Yonne est en "alerte".