«Les 3.200 euros annuels proposés aux communes pour réaliser les passeports biométriques sont dérisoires par rapport à la charge de travail que cela va représenter», déplore Jean-Louis Fousseret, maire de Besançon et vice-président de l'Association des maires de grandes villes de France dans la Gazette des Communes. Il demande à ce que les villes concernées reçoivent 15 euros par passeport en plus de l'indemnisation annuelle. Cette demande intervient suite à une réunion avec les services de l'Etat qualifiée de houleuse, le 30 octobre 2008.
Dans une lettre adressée au ministre de l'Intérieur le 15 octobre 2008, l'édile avait argumenté cette demande en évaluant le temps supplémentaire d'établissement des nouveaux passeports pouvant aller jusqu'à 20 minutes, l'augmentation de la demande estimée à 30%, la formation des agents et la sécurisation des locaux. Jean-Louis Fousseret justifie cette demande par l'augmentation du prix des passeports.