Agrégé de philosophie, titulaire d’un doctorat de Paris IV Sorbonne, Emmanuel Roux a été professeur de philosophie, avant d’entrer à la Cour des comptes comme auditeur en 2004, à l’issue de sa scolarité à l’École Nationale d’Administration. Affecté à la sixième chambre, il est rapporteur adjoint du rapport sur l’application des lois de financement de la sécurité sociale. Nommé conseiller référendaire en 2007, il rejoint en 2008 le ministère de la santé au sein de la mission de création des agences régionales de santé, où il pilote le volet financier de la réforme.
Directeur général adjoint de la Fédération Nationale de la Mutualité Française en avril 2011, il en devient directeur général en 2013. En 2016, il prend la tête du groupe mutualiste Aésio qui rassemble plusieurs mutuelles intervenant dans le champ assurantiel, hospitalier et médico-social.
Après avoir consacré plusieurs années aux questions de santé et d’assurance maladie, il revient à la Cour en juillet 2020 et est affecté à la section culture et communication de la troisième chambre, où il pilote notamment l’enquête sur la politique de l’État en matière de patrimoine monumental et sur la politique des festivals.
Il a été nommé conseiller maître au conseil des ministres du 11 janvier 2023.