D'abord l'association Le Jardin des Vaîtes, qui avait porté le recours auprès du tribunal, et pour qui cette décision « est un rappel à l'ordre local : : il n'y a pas d'intérêt public majeur à détruire des habitats d'espèces protégées pour construire des logements déjà en surnombre dans une ville à la population stable. ». Elle profite de l'occasion pour appeler « la municipalité à rediscuter son projet dans le prisme de l'écologie. »
La France Insoumise, qui « salue avec joie cette victoire » et « réaffirme son soutien » à l'association ; et fusille la municipalité qui « s'entête de manière incompréhensible dans un projet d’arrière garde, à l’heure où tout nous commande de préserver la biodiversité et les éléments de fraîcheur au cœur des villes […] au mépris de l'intérêt général.»
Le collectif d'Alternatiba Besançon "se réjouit" de la décision et "se félicite "qu’enfin les préconisations et alertes des scientifiques se traduisent dans la réel et plus seulement dans les discours » ; il regrette cependant que « les responsables politiques peinent encore à prendre des décisions face aux changements du monde. »
Jacques Grosperrin, sénateur du Doubs et président LR au conseil municipal, souligne "l'acharnement incompréhensible de la municipalité" et le "paradoxe du projet d'éco-quartier, amené à supprimer de terres agricoles et des espaces naturels" ; il réaffirme que le projet est "nuisible" et prône de se "ranger à cette sage décision de justice" et de "corriger le projet en renouant le dialogue avec les habitants du quartier."
L'Intergroupe pour un groupe de travail citoyen
Enfin, l'Intergroupe de la Ville de Besançon rappelle que si elle n'a « aucune légitimité à commenter ce jugement », elle peut en revanche « inviter à la mise en place d'un groupe de travail où les citoyens participeraient afin d'analyser les enjeux. »