A l’issue d’une réunion de tous les acteurs qui se sont mis au chevet de la Loue depuis la pollution du printemps, qui a occasionné la mort de nombreux poissons et d’un chevreuil, la préfecture a diffusé les résultats de leurs investigations.
En résumé, la qualité de l’eau est jugée satisfaisante, voire plus, mais les poissons disparaissent ou sont en mauvaise santé. « Face à ce paradoxe, on n’a pas de réponse !», s’est exclamé un intervenant précisant que « le cours d’eau est dans le haut de gamme, mais qu’il y a un constat de mortalité des poissons». Pour les truites, « il y a même un tassement net ». C’est également le cas pour l’ombre, mais dans une mesure moindre
Selon l’ONEMA (Office national de l’eau et des milieux aquatiques), la truite a effectivement régressé d’une manière significative à Ornans et encore plus à Cléron. « La présence de truite reste loin du potentiel de ce type de cours d’eau tant en masse qu’en nombre. On retiendra qu’en termes de poids total, la truite ne représente que 20 à 25% du potentiel que la rivière peut accueillir ».
Le constat est donc accablant et les explications pour le moins hésitantes. En vrac : les cyanobactéries relevées en mai, un des facteurs, mais pas le seul ; on n’arrive pas à pointer le facteur de mortalité ; c’est généralement multifactoriel ; les pathologies des poissons sont mal connues ; la science est pour l’instant démunie… Pas très rassurant tout ça. Du coup, le secrétaire général de la préfecture, Pierre Clavreuil, qui inscrit la surveillance de la Loue dans le long terme, a promis « qu’on ne s’interdit aucune réflexion ». En effet, a rajouté Claude Jeannerot, président du conseil général, « nous avons besoin de mieux comprendre ».
Quoiqu'il en soit, son vice-président, Christian Bouday, conseiller général de Pontarlier, est persuadé qu'il n'y a aucun lien entre la pollution de la Loue et le gouffre de Jardel qui contient des milliers de tonnes d'obus de la Première Guerre.
Une chose est sûre, c’est que les cyanobactéries, autrefois appelées algues bleues, présentes dans l’eau de la Loue lors de l’épisode de mortalité de poissons de mai, ont disparu. Elles ne justifient pas à elles seules la dégradation continue du peuplement piscicole depuis 1999, date d’un premier recensement. Les spécialistes évoquent vaguement pour les poissons « une accumulation de stress qui au bout d’un moment est fatal ».
Dès lors, on comprend pourquoi le préfet de Franche-Comté a commandé une expertise scientifique nationale qui intégrera également l’analyse de deux autres cours d’eau, l’Ain et le Doubs franco-suisse.